En 1968 el Pbro. Francisco Luis Espinoza, funda la Escuela de Agricultura y Ganadería, llamada en ese entonces Liceo Agrícola; inicia sus funciones en las instalaciones de hoy Instituto Nacional Francisco Luis Espinoza Pineda (INFLE) ubicado en la Ciudad de Estelí, por el periodo de un año para luego pasar a las instalaciones de la Thonsom. Para entonces era llamada Escuela Técnica Agropecuaria del norte (ETAN).

En 1974 comienza a funcionar dentro de la misma escuela, el centro de Educación Integral Campesino (CEICA) con la función de dar cursillos de breve duración a campesinos de la zona y capacitarlos en técnicas agrícolas y construcciones rurales.

Para esta época la EAGE ya alcanzaba un gran prestigio a nivel nacional e internacional, con gran demanda debido a que en la región Norte no existía otra Escuela con perfil Agropecuario.
A la muerte del Fundador y Director de la Escuela, pasa entonces la administración de EAGE a la congregación de los hermanos Maristas, cundo estos rechazan la administración la ofrecen al obispado de Esteli por lo que se nombra un Nuevo Director el Pbro. Julio López.

A comienzos de 1981, los padres Jesuitas aceptaron la propuesta del obispado de Esteli de hacerse cargo de la administración , y es por decisión gubernamental que EAGE paso a integrarse en la Educación Superior a través del consejo Nacional (CNES). Al integrarse la EAGE al CNES, se lleva a cabo una transformación curricular y los egresados obtienen títulos de Técnico Superior en las especialidades de Agronomía y zootecnia en el año de 1985 se agrega la carrera de técnico superior en veterinaria estas tres especialidades son servidas hasta el año 1990.

Esta etapa inicia un proceso de Estabilización, se trato de darle constitución Legal, se constituyo una asociación civil, privada, sin fines de lucro, regida por una junta directiva compuesta por representantes del obispado de Esteli, el Ministerio de Agricultura y Ganadería (MAG) y los hermanos Maristas. Quedando la administración y la dirección en manos de los padres Jesuitas hasta diciembre del año 1993.

Se toma la decisión de incrementar la gestión de la cooperación externa para lograr llenar las necesidades de Equipos, infraestructura productiva, de servicios y recursos Humanos.

En esta etapa el programa de Desarrollo Rural, se Fortaleció por el apoyo de OXFAN – Canadá.

A partir del 12 de Marzo de 1990, La administración de la EAGE es asumida por funcionarios laicos de la ciudad de esteli, Nombrados por una junta directiva.

Bajo la administración de un laico (1990-1993) se abre la modalidad de curso sabatino con la carrera de técnico superior en Administración Agropecuaria, pasando después a formar licenciados en esta disciplina, la cual esta sirviéndose en la actualidad.

En 1992 se realiza un diagnostico curricular con egresados y empresarios que arroja las necesidades de hacer una transformación en la oferta educativa; de manera que a partir de 1993 se sirven las carreras de técnico superior agropecuario e Ingeniería Agropecuaria para el turno diurno y para el sabatino las carreras de técnico superior en administración agropecuaria e ingeniería agropecuaria esta ultima dirigida únicamente a egresados de la Escuela de Agricultura de Rivas, Esteli y algunos que vinieron con títulos similares de otros países.

Hasta 1993, se graduaron un total de 1,314 estudiantes.

A mediados del año1998, la Diócesis de Esteli a la cabeza de su Obispo asume la dirección de la EAGE, con el Pensamiento “ Hay que regresar al camino de la conciencia”, esta etapa se define como la refundación; se emplea con el fin de implantar un nuevo modelo Educativo con tres enfoques fundamentales: Académico, Productivo, Espiritual y en ellos el lema “ Dios, Hombre, Cosecha” adquiere una importancia capital en un proyecto educativo con características de Universidad – Empresa.

Dentro del aspecto Académico, se pretende preparar un profesional cuyo currículum este basado en dos aspectos Fundamentales: Científico y ético. Desde el punto de vista científico se pretende preparar el mejor profesional, formar un elemento activo de producción con conocimientos adquiridos en laboratorios y el campo.

Desde el aspecto ético, en la actualidad es una inversión de valores, la cual tenemos que superar. La gente que trabaja debe alimentarse de una actitud ética ya que los profesionales serán parte importante en el liderazgo de los procesos productivos de Nicaragua.

El Consejo Superior de la entonces EAGE aprueba el cambio de razón social por la denominación con estatus Universitario de UCATSE. Definiéndose en dos momentos: Uno en donde el CNU aprueba conforme la ley No.89, la nueva categoría de Universidad, (año 2002) y otro cuando la asamblea Nacional por Decreto Resolutivo aprueba esta nueva razón social (01 de Diciembre 2003), y posteriormente se publica en la gaceta Diario Oficial No. 51 del 12 de marzo del 2004, el referido cambio de razón social y la reforma total de los estatutos que vienen dar seguridad jurídica, Institucional y Académica a la nueva organización Educativa, siempre sin fines de lucro, privada.

En los estatutos definidos en la reforma total se establece una estrategia Institucional claramente comprometida con los grandes ejes medulares que vendrán a dar coherencia a su Misión – Visión , todo ello puntualizado en los nuevos planes de oferta académica, Investigación, desarrollo Rural, eficiencia administrativa y el componente de pastoral y extensión Cultural como referentes del nuevo quehacer Institucional.